Snow on R on Linux Fedora Core 3

さて、先日、Rmpiをインストールしたが、Rmpiから直接MPIを使って並列プログラミングをするのは面倒なので、より便利なsnowを導入する(snowは現在、世界で最も簡単な並列プログラミング環境だと思う)。

Snowのインストール:
$ tar -zxvf snow.tar.gz
# R CMD INSTALL snow
$ export R_LIBS=/usr/lib/R/library/
[/usr/lib/R/library/snowまでのlibrary pathが必要なため]

世界で一番短い使い方:
$ lamboot -v
$ R
[以下、>を省略(cut & pasteを容易にするため)]
library(Rmpi)
library(snow)

世界で最も簡単な並列プログラミング例:


cl <- makeCluster(3, type="MPI")
funcxy <- function(x, y){rn<-x+y;return(list(x=x,y=y,rn=rn))}
rc <- array(NA,c(3))
inpt <- array(4:6,c(3))
for(i in 1:3){rc[i] <- clusterCall(cl[i], funcxy, i,inpt[i])}
stopCluster(cl)

$ lamhalt

(Rmpi関連URI)
http://www.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/
http://libai.math.ncu.edu.tw/bcc16/B/R/c2.shtml

(snow関連URI)
http://www.stat.uiowa.edu/~luke/R/cluster/cluster.html
http://www.sfu.ca/~sblay/R/snow.html
http://www.biostat.ucsf.edu/biostat/sen/cluster/RMPI-cluster2.html

I greatly appreciate Dr. Hao Yu, Dr. Luke Tierney, and R core team.